高度な電脳化技術によって人と機械の境界が曖昧になった近未来の日本。全身義体のサイボーグである草薙素子少佐が率いる公安9課は、テロやハッキング犯罪など国家を脅かす事件に立ち向かう特殊部隊である。ネットワークに接続された「電脳」と生身の身体が入り混じる社会で、自己の存在とは何かを問いながら、素子たちは高度情報化社会の闇に潜む陰謀を追う。

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